悠悠閒閒的天地

挑出11種相似程度不同的 LMP1 proteins:

P03230(100%)、H9C5V4(98%)、H9C5V5(97%)、Q6RKP8(96%)、P13198(95%)、Q7T6U4(94%)、H9C5W7(93%)、Q6PKR4(92%)、H9C5W4(91%)、Q6PKQ6(88%)、A8C6Z9(87%)

除 P03230:strain B95-8、P13198:strain RaJi，其餘皆為strain GD1 

 使用BioEdit 將11個protein sequences 作 clustalw Multiple alignment

做完clustalw後將檔案存成phylip格式

使用phylip 軟體分析，經過一連串infile/intree 得到以下之結果

 1.最大簡約法(Maximum Parsimony) 

 2.最大相似法(Maximum Likelihood) 

 3.距離法(Distance Method)

    (1)Neighbor-joining(NJ) 

    (2)UPGMA 

    (3)Fitch-Margoliash(FM)